#+Title: Reproduzierbare Veröffentlichungen
#+Author: Arne Babenhauserheide
#+bind: org-export-publishing-directory "./foobartest"
#+BIND: org-latex-title-command ""
#+startup: beamer
#+Options: H:2 toc:nil C:t ^:nil num:nil tags:nil
#+LaTeX_CLASS: beamer
# switch the options to handout to generate a handout.
#+LaTeX_CLASS_OPTIONS: [presentation, bigger]
# optionally add bigger to the latex_class_options.
#+LATEX_HEADER:\NeedsTeXFormat{LaTeX2e}
# Replace the non-standard KIT theme by Boadilla if you do not have these files.
#+LATEX_HEADER: \usetheme{Boadilla}\usecolortheme{beaver}
# #+LATEX_HEADER:\usepackage{/home/arne/texmf/templates/beamerthemekit}
#+LaTeX_HEADER:\usepackage{wasysym}\usepackage{ngerman}
# the titleimage and titlelogo seem to only be available in the kit theme :(
# commend them out, if you do not use the kit theme.
# #+LATEX_HEADER:\titleimage{ctflux}
# #+LATEX_HEADER:\titlelogo{RemoteC}
# Andere Themes: http://www.hartwork.org/beamer-theme-matrix/
# Warsaw: Mit Inhalt oben
# Madrid:
# Anforderungen: Name + Titel + Seitenzahlen auf jedem Blatt
#+LaTeX_HEADER:\definecolor{mintedbg}{rgb}{0.95,0.95,0.95}
# #+LATEX_HEADER:\institute{IMK-ASF}
#+LATEX_HEADER:\selectlanguage{ngerman}
#+COLUMNS: %45ITEM %10BEAMER_env(Env) %10BEAMER_envargs(Env Args) %4BEAMER_col(Col) %8BEAMER_extra(Extra)
#+PROPERTY: BEAMER_col_ALL 0.1 0.2 0.3 0.4 0.45 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 0.0 :ETC
#+LaTeX_HEADER: \makeatletter
#+LaTeX_HEADER: \renewenvironment{minted@colorbg}[1]{
#+LaTeX_HEADER: \setlength{\fboxsep}{\z@}
#+LaTeX_HEADER: \def\minted@bgcol{#1}
#+LaTeX_HEADER: \noindent
#+LaTeX_HEADER: \begin{lrbox}{\minted@bgbox}
#+LaTeX_HEADER: \begin{minipage}{\linewidth}}
#+LaTeX_HEADER: {\end{minipage}
#+LaTeX_HEADER: \end{lrbox}%
#+LaTeX_HEADER: \colorbox{\minted@bgcol}{\usebox{\minted@bgbox}}}
#+LaTeX_HEADER: \makeatother
#+LATEX: \renewcommand{\inserttotalframenumber}{\insertpresentationendpage}
#+LATEX: \maketitle
#+BEGIN_LaTeX
\definecolor{mintedbg}{rgb}{0.95,0.95,0.95}
#+END_LaTeX
#+HTML: <div style="float: right; text-align: right; border: solid thin gray; padding-left: 1em; padding-right: 1em; padding-top: 0.5em; margin-left: 1em">
#+HTML: <p><strong><a href="/files/repro-pub-0.5.0.pdf">PDF-version</a> (for printing)</strong></p>
#+HTML: <p><a href="/files/repro-pub-0.5.0.tar.gz">Release</a> (to download)</p>
#+HTML: <p><a href="/files/repro-pub-0.5.0.org">orgmode-version</a> (for editing)</p>
#+HTML: <p><a href="/proj/repro-pub">repository</a> (for forking)</p>
#+HTML: </div>
* Problem
** Falscher Anreiz
# Frei erzählen (vielleicht mit Mind-Map; in dem Fall Mind-Map nach
# der Einführung gegen ein Beamer-Steuregerät oder einen Zeigestock
# tauschen).
#+BEGIN_HTML
<!--
#+END_HTML
*** Columns :B_columns:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: columns
:BEAMER_opt: t
:END:
#+BEGIN_HTML
-->
#+END_HTML
**** Die Versuchung :B_block:BMCOL:
:PROPERTIES:
:BEAMER_col: 0.47
:BEAMER_env: block
:BEAMER_act: <1-2>
:END:
#+Latex: \small
- „Haben Sie einmal ein Paper mit per Skript erstellten Grafiken veröffentlicht?“
- „Haben Sie Skripte und Daten veröffentlicht?“
- „Warum erfinden Sie die Daten nicht? Das wäre weniger Arbeit\dots“
/„Niemals! Das verbietet die wissenschaftliche Integrität!“/
**** Doch es passiert - leider :B_block:BMCOL:
:PROPERTIES:
:BEAMER_col: 0.47
:BEAMER_env: block
:BEAMER_act: <2->
:END:
#+LATEX: \small
- Einstieg: „passte ich den Untersuchungsentwurf an“.
- Dietrich Stapel: „Es war grau und es war üblich“.
- Sturz: „erfindet die Daten“.
- „Forscher gratulieren“.
- „Drei [seiner] Doktoranden sind Ungereimtheiten […] aufgefallen“.
/[Quarks & Co., 2013-06-04]/
** Herausforderungen
*** Columns :B_columns:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: columns
:BEAMER_opt: t
:END:
**** Wissenschaft :B_block:BMCOL:
:PROPERTIES:
:BEAMER_col: 0.47
:BEAMER_env: block
:END:
- referenzierbar?
- vertrauenswürdig?
- prüfbar?
- wiederholbar?
/Vertrauen in andere durch saubere Veröffentlichungen./
**** Forschende :B_block:BMCOL:
:PROPERTIES:
:BEAMER_col: 0.47
:BEAMER_env: block
:BEAMER_envargs: <3->
:END:
- „Welche Daten nutze ich?“
- „Liefere ich alle Daten?“
- „Wie habe ich das Paper damals erstellt?“
/Vertrauen in die eigene Veröffentlichung./
* Ansatz
** Anforderungen an ein System
- Diagramme und Tabellen aus aktuellen Daten
- Benötigte Daten und Skripte beilegen
- Automatisiert mit Selbsttest
* Realisierung
** Eine Lösung: org-mode + autotools
#+BEGIN_HTML
<!--
#+END_HTML
*** Columns :B_columns:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: columns
:BEAMER_opt: t
:END:
#+BEGIN_HTML
-->
#+END_HTML
**** Emacs Org-Mode :B_block:BMCOL:
:PROPERTIES:
:BEAMER_col: 0.47
:BEAMER_env: block
:END:
#+BEGIN_src sh
,#+BEGIN_SRC python
import pylab
data = pylab.genfromtxt(
"data.txt")
pylab.plot(data)
pylab.savefig(
"image.png")
print "#+caption: desc"
print "[[./image.png]]"
,#+END_src
#+END_src
**** GNU autotools distcheck :B_block:BMCOL:
:PROPERTIES:
:BEAMER_col: 0.47
:BEAMER_env: block
:END:
#+BEGIN_SRC sh
autoreconf -i && \
./configure && \
make distcheck
#+END_SRC
\( \rightarrow \) repro-pub-0.1.tar.gz
[[./dist-tarball.png]]
** Analog
#+LATEX: \centering
Versuchsaufbau *exakt* beschreiben.
* Abschluss
** Danke für Ihre Aufmerksamkeit!
#+LATEX: \centering
Bitte stellen Sie Ihre Fragen
** Quellen
#+LATEX: \small
- Emacs: [[http://gnu.org/s/emacs][gnu.org/s/emacs]]
- Org-Mode: [[http://orgmode.org][orgmode.org]]
- GNU autoconf: [[http://gnu.org/software/autoconf/][gnu.org/s/autoconf]]
- GNU automake: [[http://gnu.org/software/automake/][gnu.org/s/automake]]
- Einfacher Einstieg: [[http://draketo.de/light/english/free-software/makefile-to-autotools][draketo.de/light/english/free-software/makefile-to-autotools]]
*** Kontakt
arne.babenhauserheide@kit.edu oder arne_bab@web.de
* Appendix :B_appendix:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: appendix
:END:
** Hier genutzte Werkzeuge
- Autoconf (configure.ac)
- Automake (Makefile.am)
- Emacs + org-mode (vortrag.org)
** configure.ac
#+BEGIN_HTML
<!--
#+END_HTML
*** :B_block:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: block
:END:
#+BEGIN_HTML
-->
#+END_HTML
#+LATEX: \small
#+include: "configure.ac" src sh
** Makefile.am (1/2)
#+BEGIN_HTML
<!--
#+END_HTML
*** :B_block:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: block
:END:
#+BEGIN_HTML
-->
#+END_HTML
#+LATEX: \small
#+include: "Makefile.am" src sh :lines "-15"
** Makefile.am (2/2)
#+BEGIN_HTML
<!--
#+END_HTML
*** :B_block:
:PROPERTIES:
:BEAMER_env: block
:END:
#+BEGIN_HTML
-->
#+END_HTML
#+LATEX: \small
#+include: "Makefile.am" src sh :lines "16-"
# Local Variables:
# org-latex-minted-options: (("bgcolor" "mintedbg") ("frame" "single") ("framesep" "6pt") ("mathescape" "true") ("fontsize" "\\footnotesize"))
# org-export-allow-bind-keywords: t
# End: