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Reproduzierbare Veröffentlichungen

Für verlässliche Wissenschaft sind reproduzierbare Veröffentlichungen essenziell - aber oft sind sie nicht gegeben12. Dieser 5-Minuten-Vortrag motiviert, wieso Reproduzierbarkeit so wichtig ist, und zeigt eine Lösung zum wirklich reproduzierbaren Veröffentlichen - die er auch selbst nutzt. Ich habe ihn in einem Seminar zum wissenschaftlichen Präsentieren gehalten.

Reproduzierbare Veröffentlichungen

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Falscher Anreiz

  • Die Versuchung
    • „Haben Sie einmal ein Paper mit per Skript erstellten Grafiken veröffentlicht?“
    • „Haben Sie Skripte und Daten veröffentlicht?“
    • „Warum erfinden Sie die Daten nicht? Das wäre weniger Arbeit…“

    „Niemals! Das verbietet die wissenschaftliche Integrität!“

  • Doch es passiert - leider
    • Einstieg: „passte ich den Untersuchungsentwurf an“.
    • Dietrich Stapel: „Es war grau und es war üblich“.
    • Sturz: „erfindet die Daten“.
    • „Forscher gratulieren“.
    • „Drei [seiner] Doktoranden sind Ungereimtheiten […] aufgefallen“.

    [Quarks & Co., 2013-06-04]


  1. Gerade haben Biologen gezeigt3, dass die Verfügbarkeit der Rohdaten von alten Veröffentlichungen jedes Jahr um 17% fällt. Das heißt, schon nach 4 Jahren gibt es für die Hälfte der Veröffentlichungen keine Daten mehr. Die hier gezeigte Methode macht es sehr einfach sicherzustellen, dass alle für die Veröffentlichung notwendigen Daten mitveröffentlicht werden - und erzeugt automatisch eine Archivdatei dafür. 

  2. Leider ist die durch die politisch gesetzten Rahmenbedingungen erzwungene Konkurrenzsituation für reproduzierbare Veröffentlichungen hinderlich, denn wer seine Daten und Skripte veröffentlicht - eigentlich alle Programme, die er oder sie nutzte - verspielt die Möglichkeit, sich ein Monopol auf die Daten aufzubauen, das die nächsten Veröffentlichungen sichern könnte. Sobald die Daten draußen sind, können andere damit arbeiten - und nur die schnellsten können veröffentlichen (ja, das System ist dumm…). Zusätzlich stehen sauberer Veröffentlichung oft „IP“-Regeln entgegen - also der Wunsch der Uni, ihre Ergebnisse zu monopolisieren. Zum Glück gibt es mit Open Access inzwischen eine Bewegung gegen solche schädlichen Regelungen - aber der Kampf wird wohl noch lange andauern. Immerhin stehen hier Misstrauen, Gier und leider berechtigte Sorgen um die eigene Zukunft gegen wissenschaftliche Integrität. 

  3. The Availability of Research Data Declines Rapidly with Article Age - Zeitungsartikel dazu: The Vast Majority of Raw Data From Old Scientific Studies May Now Be Missing

Going from a simple Makefile to Autotools

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Intro

I recently started looking into Autotools, to make it easier to run my code on multiple platforms.

Naturally you can use cmake or scons or waf or ninja or tup, all of which are interesting in there own respect. But none of them has seen the amount of testing which went into autotools, and none of them have the amount of tweaks needed to support about every system under the sun. And I recently found pyconfigure which allows using autotools with python and offers detection of library features.

Warning 2016: Contains some cargo-cult-programming — my current setup is cleaner thanks to using AC_CONFIG_LINKS in configure.ac.

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Willkommen im Weltenwald!
((λ()'Dr.ArneBab))



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